在魔法少女们结束了那无人知晓的拯救世界的战争十多年之后——在樱花飞舞的古都“参禅町”生活的主人公·奏大雅。他在樱花丘学园读书，和黑猫“クロ”和学妹“千和”他们一起度过平稳的日子。然而某一天，转校生“柊ハル”出现在他的面前。然后她告诉了他：“我希望能变回魔法少女……那次战斗极为惨烈，谁都伤痕累累，谁都求福禳灾。但是，少女们没有受到感谢，没有受到赞美，没有为谁，所知……。尽管如此，这场“战斗”还是平安无事结束了。“守护人类未来的故事”就这样迎来了前所未有的圆满结局，从那之后约十年，来到现在。面对生活中的遭遇，少女们苦恼…

主人公鹿野上悠马（かのうえ ゆうま）是魔法使——　　不管对方身负多么严重的伤痛，他都能将之治愈，前提是牺牲自身存在的时间（回忆）。边远的港口小镇风津之滨（かざつがはま）有一座不可思议的学生宿舍，名为岚山（あらしやま）庄。　　之所以说它不可思议，只因宿舍的地下室连接着缤纷的异世界。置身于这小小的不可思议之中，少年依旧安稳地度过如梦似幻的每一天——　　“魔法师的少女已经赋予我魔力，那就和她一起去找寻梦存在的地方以及逝去之物吧”　　“难免傲娇的青梅竹马也体贴入微地照顾闷居家中的我了”　　“跟住在二楼的吊儿郎当大姐头去环游…

游戏讲述的是在月之咲这个连续两年没有春天的小镇。无论什么季节，空中总是在飘荡着雪花。缓慢散落的白色结晶，纷飞飘舞。但是这种雪花，不会形成积雪。该说这是温柔的雪呢，还是忧伤的雪呢？除了不会堆积的雪，还有突发的龙卷风、闪电、河川水位上涨等异常的气象在困扰着这座小镇。主人公——榛名陆，奉组织的命令来到这个小镇，其目的是在异常气象中护卫两位少女。他是被称为“エルフィン（能力者，elfin）”的存在，能使用ルーン（能力，rune）的神秘力量。一直以来，他都以学生的名义在各地展开救助工作。这次来到的小镇，是他曾经住过的地方。他…

——世界迎来终焉，我寻到了新的梦想。 ……二阶堂真红。 心中，最喜欢的人。 在新世界中，小小公寓的一室，我们开始过着二人生活。 品尝恋爱的滋味，实现心中的愿望——手与手牵在一起。 那是多么的幸福。面对现实的不习惯，有时会狼狈周章；面对无法传递的思念，有时会苦恼慌乱。 为什么会如此事与愿违……人生不如意，多少会产生失落。 但正因如此，才能更加更加地喜欢上对方。 和重视的人们，尤其是心爱的你一起——就能露出笑颜。 我们相信着。这样的时间，这样的世界，无论何时，无论何地都能延续下去。 正因如此，才能在心中起誓——绝对，不…