迷之转校生-是一个神秘而充满魅力，让人心跳不已的宏语。然而……这次成为迷之转校生的居然是一个饿慌了肚子来混饭吃的男生！——开端是一封信。某天收到的著名学园的入学许可证上写有『食堂随便吃』的字样。仅被这一点所诱惑，主人公来到了在各领域拥有优秀才能的学生们所属的超名门学校•私立凤缭兰学园！或许有点古怪的超个性化的学生们和在学园中见怪不怪了的谜之机器人。这些怪人所聚集的两个集团——『学生会』和『缭兰会』。意气洋洋地转校本来是件好事，但欢迎他的却是预言说他离家后很快会遇到不幸的占卜师！设置在桥上的烟花不知为何发生大爆炸!!…

本作是系列前作《黄昏時の境界線》以及《残影の夜が明ける時》的后续，是系列的完结篇。故事简介：永远在找寻着、境界线彼方的你——只出现在学园夜晚的“夜之世界”崩坏后，夜之学生们也消失无踪。抱着对20年前学园发生的那起火灾是否就是一切的开端的疑问的主人公一行，也同样为了再一次能够与作为“夜之学生”而消失的同伴们相见，开始了对事件的详细调查。而另一边，杳无音讯的学园长为了夜之世界的复归而秘密行动着。围绕着学园的所有谜团，终于到了真相大白的时候—— 收藏0

学校所抱着的秘密、在黄昏时刻交替的两个世界。……你们并不会对此产生疑问的吗？他们究竟是从哪里来，究竟会回到哪里去？夜与昼的境界线究竟会在什么时候——开始交替？坐落在深山的全住宿制学校『天秤瑠璃学園』。这个耸立着大型钟塔的地方，可并不是一间普通的学校——主人公満琉在以转校生的身份来到这个学校以后，就背负起『特殊事案調査分室』，俗称为“特查”的职责。他与特查的同伴憂緒等人一起，过着解决在这间不可思议的学校里所发生的各种麻烦事的每一天。突然有一天，学校里出现了料想之外的来访者。她是为了探寻祖母的纪念品，从非常遥远的异国来…

主人公以新生的身份来到了深山里一所耸立着大型钟塔的全住宿制校园。然而，他在第一天上学就突然被卷进麻烦里面，毁坏了校园门口一个样子很贵重的像。在学园长所下达的、以劳动一段时间来作为赔偿的指示下，主人公与作为麻烦的源头的一个男学生一起，被分配到“特殊事案调査分室”。当他们来到巨大的地下图书馆内部的分室房间时，里面正有一个冷淡的少女在等着他们。毫无来由地，两人被少女所告知：这个学校里，生活着真正的魔物——伴随着钟塔的钟声，学校会显现出“夜之世界”，并与校舍一体化。分室的任务，就是要去解决在学校里发生的有关魔术的问题。就这…